財政部官員表示，商譽價值並非由稅官主觀認定。企業併購時產生的商譽價值，國稅局除依併購相關法規的解釋外，也會根據IFRS第3號公報，以及「會計研究發展基金會」出版的會計公報，參考企業購併的會計準則進行商譽評價，「反而是許多會計師，直接依企業提出的帳面價值申報」。
官員表示，許多企業申報商譽攤銷時，並未經過標準評價程序；此外，不少企業併購案屬於「關係企業」間的併購，產生是否為「左手換右手」的質疑，所以在商譽攤銷上嚴格認定。
關係企業左手換右手
「若非兩家企業合併，而是僅買下單一部門，是否會產生商譽成本？」官員認為，商譽目前仍未有界定標準，也是引發爭議的主要原因。
會計師表示，根據最高行政法院庭長法官聯席會的決議，企業併購取得的商譽，舉證責任應由業者（納稅義務人）負客觀舉證責任，但在「舉證之所在、敗訴之所在」的原則下，企業幾乎永遠是敗訴的一方。
財政部官員強調，「國稅局不可能、也沒有立場去為業者舉證，但業者若能提出具體評價報告，並證明商譽價值的真實性與合理性，國稅局也不能不予認定。」