教育部則強調，特招辦理權是在學校，中央及地方都不能強制。
國教行動聯盟理事長王立昇表示，教育部否決基北區、中投區日前推出的「一試二用」方案（免試成績用於特色招生），但免試入學所採用的三等第四標示並非與考生成績正相關，如取得四個Ｂ++，一個Ｃ的學生，比拿到五個Ｂ的學生，答對總題數多，但因先比等第，導致恐在超額比序中輸掉，「這樣公平嗎？」
國教聯盟認為教部應鬆手，由各區自行決定會考成績使用方式，而將實施的免試管道，將會考擴大為「十級量尺」，也應在超額比序中先比，避免等第太寬所產生的不公平。
教育部國教署長吳清山回應，會考十級量尺分數應該只是在免試入學超額比序「比無可比」的情況下才使用，不會提前到第一項目。
吳清山重申，教育部並未用法條架空地方自主權，只是用原則性規範，如免試中會考成績不得超過三分之一等，讓各教學區有所遵循。至於等第太寬恐讓前段及後段學生產生比較不公的情況，吳清山認為，會深入了解，但目前尚無數據證實該情形發生，且十二年國教的精神是讓孩子每一科均衡發展，不要再走回過去基測甚至聯考的分分計較。