對此，內政部表示經審慎研議訴願決定的理由後，將儘速去函臺灣南投地方法院瞭解李朝卿縣長所涉貪汙案件的最新審理情形，並視法院後續答復內容，再重新作是否准予其復職的決定。南投縣長李朝卿的申請復職案件，內政部在102年4月因考量其涉貪案件數量多且複雜，且南投縣政府有關公務員於刑事偵查過程，對相關犯行亦有所指證、自白等情節，如准其復職，對已於該府復職之相關人等可能有所不利。為確立政府掃除貪污、建立廉能政治的決心，故以違法失職情節重大，依公務員懲戒法將其移送監察院懲戒並繼續停職。
李朝卿在103年3月間再向內政部提出復職申請，內政部經重新審視相關規定及其復職申請理由，認為本案原停職的相關原因事實並未改變，在103年4月22日再次否准李朝卿的復職申請。內政部表示，依行政院的訴願決定理由，基本上仍肯認該部引用公務員懲戒法規定予以停職，但因李朝卿涉貪案從地檢署起訴至今，法院審理已1年多，原來准駁復職的裁量事實基礎是否已有變更，認有再進一步查明瞭解的必要，因此撤銷該部原來的決定，並由內政部查明後再重為處分。
因事涉法院相關審理情形，內政部將依行政院的訴願決定，儘速去函南投地方法院瞭解，以作為後續重為准駁處分時的裁量依據。