媒體報導，內政部統計年報引用大陸南海資料；內政部晚間發布新聞稿表示，南海島礁數量眾多，部分島礁遭鄰國侵佔，進行全面性實地調查作業有實際上的困難，所以在民國85年編製內政部統計年報時，引用大陸既有的南海島礁坐標資料。
內政部說，其目的只是提供民眾有關南海諸島基本參考資訊，與主權議題無關，只要數據或資料是公開正確的，不論資料是哪一個國家或個人發表，引用時加註出處來源，原則上都是可以被接受的，希望外界不要過度解讀。
內政部指出，由於台灣尚未完成全數南海島礁的測繪，因此統計年報上南海諸島的坐標資料參考大陸當時的公開資訊，與兩岸對於南海主權的立場完全無涉。
內政部說，科技日益進步，為掌握南海諸島的資訊，內政部自民國100年起依「我國大陸礁層與島礁調查計畫」工作規劃及預算實際核列情形，除了實際測量外，並利用高解析度衛星影像，進行南海諸島的測繪，建立南海諸島的空間資訊。
內政部指出，截至目前為止，總計執行新台幣約8000萬元，已完成東海釣魚台列嶼及南海諸島絕大部分島礁，總計198個島礁基礎圖資建置，預定104年底完成東海及南海全部島礁圖資測繪工作。
內政部說，將於104年全面更新統計年報資料，並依據測繪成果編繪「我國南海地區地圖」。