內政部指出，南海島礁數量眾多，部分島礁遭鄰國侵佔，進行全面性實地調查作業有實際上的困難，因此在1996年編製內政部統計年報時，引用大陸既有的南海島礁座標資料，目的僅是提供民眾有關南海諸島的基本資訊。
內政部表示，為了掌握南海諸島的資訊，內政部自2011年起依「我國大陸礁層與島礁調查計畫」工作規劃及預算實際核列情形，除了實際測量外，還利用高解析度衛星影像測繪南海諸島，建立南海諸島的空間資訊。截至目前為止，總計執行費用約新台幣8千萬元，已完成東海釣魚台列嶼及南海諸島絕大部分島礁，總計建置198個島礁基礎圖資，預定於2015年底完成所有島礁圖資測繪工作，屆時也將全面更新統計年報資料，依據測繪成果編繪我國南海地區地圖。
內政部強調，政府捍衛南海諸島主權的立場從未改變，日前舉辦的「中華民國南疆史料特展」充分顯示中華民國在南海議題上的話語權，未來也期盼各領域專家、學者持續協助政府蒐集堅實論據，並向國際社會爭取我國應有的權益。