同時，大陸財政部還對內部職能進行大幅調整，6位副部長分工調整，14個司局職能重劃。預算司、稅政司職能強化，同時新設政策研究室、資產管理司、國際關係合作司、國際財金合作司。
經濟觀察報分析，此為財政部自1998年政府機構改革以來，最大規模的職能與幹部調整。在新一輪財稅體制改革剛剛起步、預算法修訂完成的背景下，此番調整意味深長。
大陸中央財經大學財經研究院院長王雍君認為，當前財稅體制改革的特點就是要加強統籌規劃，財政部建立內部協調機制，顯然是了解決財政管理的沉痾。
中國社會科學院財經戰略研究院研究員楊志勇說，這次財政部的內部大調整中，有的調整本來就該做的，只不過現在正好時機對了，新一輪改革還需要處理預算、稅制等問題，財政部優化職能配置，當然有利改革。
就預算司擴權部分，財政部相關人士稱，內部調整中，政府基金預算管理職責劃轉預算司，農業司的一個處室也被劃入預算司。調整後，預算司成為財政部第一大司局，人員編制71名，處級單位達到11個。
稅政司部分，綜合司承擔的行政事業收費、政府基金等非稅收管理職責劃轉稅政司，石油特別收益金管理也被劃入稅政司。調整後，稅政司編制56名，設8個處室。