高薪100指數只公布前十大成分股名單，沒有其它九十家成分股，且未公布前十家的「高薪」到底真實數字有多高？加上是以平均數非中位數來計算，忽視高薪肥貓與底層苦勞的差別，更是引發外界質疑。
未被列入前十大成分股 國泰金不爽
在指數掛牌隔日，國泰金就公開質疑證交所「搞烏龍」，指出證交所少算業務員佣金一七○億到一八○億元，國泰金的薪資應可名列前十大，與富邦金相近。
但證交所回嗆，編列指數時都是依每家公司財報裡所支付的員工薪資、勞健保、退休金及員工福利金等項目，如果有公司沒有把業務員佣金放入，而歸到別的項目，那比較基準當然不同，但編製規則一定不會算錯。
網民更是看不下去，coolda說「三隻肥貓就佔一半總薪資，無助薪資」；rockheart說「高薪的還不是肥貓…看看底層做事的薪水多少啊？」SweetLee說「老總領個年薪五億，平均值就會拉高了」；alentanic酸說「應該可以開個低薪100，這樣更有競爭力」；whccpl說「調整最低基本工資就好啊，最低40Ｋ，不就解決了嗎？」
比較台灣高薪100指數中電子業權重僅四十七％，明顯比台灣50指數的六十二％少，顯示金融業在高薪指數應佔有較多份量。