關於陸委會前特任副主委張顯耀涉洩密案，總統府發言人馬瑋國26日鄭重表示，全案已交由檢調處理，進入司法程序，總統府尊重司法，也期盼各界靜待司法調查釐清真相，避免誇大渲染，甚至進行政治操作，傷害兩岸關係。馬瑋國：『(原音)期盼各界靜待司法調查釐清真相，應避免捕風捉影、妄加揣測，誇大渲染，製造社會不安。總統府也要再次強調，不希望任何人藉此進行政治操作，傷害國家，尤其是兩岸關係。』
總統府也再度說明，馬英九總統是在17日收到張顯耀的來信，信中明確表示陸委會主委王郁琦已經告知他有「資訊外洩之事」，因此將他調離現職、進行調查。對於媒體及部分電視台名嘴說張顯耀聲稱王郁琦在信中告訴他「去職是受國安會秘書長的指示」，與事實不符。
馬瑋國指出，王郁琦已經多次公開說明，要張顯耀去職是王郁琦本人的提議，總統也支持，絕非國安會秘書長指示；其次，在張顯耀給總統的信中，也沒有這點聲明。目前王郁琦已將這封信交給檢調單位，相信待釐清疑點後，真相很快會水落石出。