王郁琦還說，對張顯耀涉及洩密做出調離現職調查的處置，是「兩害相權取其輕」的作法。
行政院大陸委員會主委王郁琦下午在記者會上說，兩岸之間協商談判過去一年有相當的變化，尤其在陸委會和中國大陸國務院台灣事務辦公室建立常態性溝通聯繫機制後，兩岸間協商談判愈來愈制度化，「人的因素」愈來愈淡。
他表示，無論誰擔任兩岸談判重要代表，只要前述溝通聯繫機制能夠繼續運作，「我不認為（張顯耀案）會有重大影響」，但張顯耀離職接受調查，「某個程度上會對兩岸互信和國人對陸委會的信任造成影響」。
王郁琦表示，「若我方談判團隊，內部本身都有疑慮的話，怎麼跟大陸進行談判？我必須確認，我方談判團隊沒有這樣的疑慮，我們才能共同面對大陸，來爭取台灣的權益。」
王郁琦也提到，在兩岸特殊環境下，陸委會同仁處於「非常艱困的環境」，同時面對陸方，以及台灣朝野對立互不信任的處境，「在爭取維護台灣最大權益的過程中，陸委會同仁非常辛苦」。
媒體引述政府高層人士說法稱，海峽交流基金會秘書長只剩下「握手」的象徵功能，王郁琦說，海基會服務台商的功能，陸委會無法取代，兩岸兩會互設辦事機構必須用海基會的招牌，也是現階段不得已的安排。
王郁琦表示，海基會的存在和兩岸兩會（海基會與大陸海峽兩岸關係協會）互設辦事機構的進程，不會因張顯耀離職接受調查而有任何改變。