行政院大陸委員會主委王郁琦下午在記者會上說，張顯耀被檢舉涉及洩密一案，本質上與私人情誼完全無關，是嚴肅且不能夠考量兩人間情誼的公務事件，身為陸委會主委的他必須處理。
王郁琦表示，當他知道張顯耀工作上有疑點時，他面臨「一個非常痛苦的抉擇」，除了要考量張顯耀個人的感受，也必須考慮身為陸委會主委對國人和陸委會同仁所負的責任。
王郁琦提到，在和張顯耀溝通時，他說，「顯耀，我很難過，我知道你家裡出了一些事情，而我必須要在這種情況下跟你談這件事情。因為你被人檢舉涉及洩密，現在必須要把你調職接受調查。」
王郁琦說，當下他心裡想的，不是他和張顯耀之間個人「小恩小義」的問題，而是他身為陸委會主委對國人和陸委會同仁所負的責任，因此他必須做出如此建議和處置，而這也得到「長官的支持」。
王郁琦重申，他和張顯耀共事兩年來，兩人互動不錯且相互尊重，沒有不和，他也很仰賴張顯耀在國會溝通等方面的能力，「常常謝謝他」。
但他說，從7月下旬接獲檢舉到8月14日告知張顯耀去職，經過個人查證和報告上級的過程，他心中已「確信」張顯耀涉及國安問題，才決定和張顯耀溝通，要求他離職接受調查，釐清工作上的疑點。
王郁琦表示，陸委會19日將全案移送調查局後，他個人「確信」是什麼已不重要，現在的重點是看客觀證據、工作疑點是否有被釐清。他相信調查局調查到一個段落時，就會在適當時機對外說明相關案情。