教育部提出的3個議題，聚焦於104學年度入學制度的調整，包括縮短試務期程、特色招生考試分發入學辦理方式、免試入學超額比序項目及順次。
對於上述議題，教育部日前已提出甲、乙、丙3個方案，經過數輪會議後傾向「丙案」，即維持現行「先免後特」架構，開放特招參採國中教育會考成績作門檻，再依招生學校需求加考1到3科，藉此縮短招生時程。
另外，教育部研擬各校免試名額比率，從今年的至少25%，提高為至少50%，各就學區免試總名額，必須佔總招生名額80%以上。
超額比序中的志願序，研擬採「群組計分」，以2志願序以上同一群組，避開今年每差一志願都扣分的狀況。並增加「國中教育會考總標示（總積點）」項目，排在會考各科標示比序之前，增加篩選的效果。
台北市長郝龍斌則提出與教育部「丙案」截然不同的「一試兩用、同時登記、先特後免」方案，即用1次國中教育會考成績，作為免試、特招2管道的分發依據，且改為「先特後免」，即先特招分發，再免試分發。
面對歧見，教育部決定於17日下午邀集各地方政府首長和教育局處長會商，行政院排定由副院長毛治國出面主持，這也是教育部長吳思華上任後，第一次大陣仗面對地方政府首長。吳思華表示，會議不對外公開，以便大家能暢所欲言，但會議如果有共識，結束後將公開對外說明。