行政院16日表示，陸委會特任副主委張顯耀因家庭因素請辭獲准，遺缺由現任政務副主委林祖嘉接任，並由海基會副祕書長施惠芬接手陸委會政務副主委。根據了解，張顯耀希望能有更多時間陪伴年邁母親。
由於張顯耀同時兼任海基會副董事長兼祕書長一職，相關人士指出，海基會的人事問題仍需進一步討論，但這種由陸委會某位副主委繼續兼任海基會副董事長的模式，應該不會改變。
行政院指出，由於兩岸經貿交流與後續協商議題，包括ECFA後續協商的貨貿協議與爭端解決機制仍在進行，未來將更倚重林祖嘉的專長與經驗，讓兩岸交流持續穩健推動；至於施惠芬在2013年2月進入海基會工作前，曾任政院法規會主委、公平會副主委，行政院希望借重她的法學專業與行政經驗，協助推動各項兩岸業務。
其他異動還包括教育部政務次長由現任文藻外語大學校長林思伶接任，行政院認為她具有豐富的教學與行政經驗，長期投入台灣通識教育改革、生命教育發展等工作，相信必能襄助教育部長推動各項教育業務；此外，客委會常務副主委鍾萬梅轉任政務副主委後，職缺由客委會文教處處長范佐銘接任。