張家祝102年2月18日接受徵召擔任經濟部長，即面臨核四這個燙手山芋的考驗，他上任後先是成立核四專案辦公室，並找來各界學者專家組成安檢小組進駐核四安全檢測。
然而，沒料到3月學運後緊接而來的核四風暴，前民進黨主席林義雄4月下旬為表達停建核四訴求，展開禁食行動，政府最終在4月底決定將核四封存停工，也讓參與安檢工作的專家直呼可惜。
除了核四之外，另一個大型政治風暴，即是兩岸服務貿易協議，服貿在去年6月簽署之後，因外界質疑黑箱作業，儘管官方緊急召開多場公聽會或說明會，仍無法得到外界認同。
今年3月期間更爆發太陽花學運，後續外界要求先制定兩岸協議監督條例，再逐條審查服貿協議，讓服貿未來前途未卜，連帶拖帶貨貿談判進度，也讓經濟部相當焦急。
7月31日高雄發生氣爆事件時，由於當時一度懷疑是中油瓦斯爆炸，張家祝第一時間緊急趕往中央災害應變中心並擔任指揮官，全力支援高雄市政府協力救災，帶領各部會全力投入緊急搶救傷亡及災民生活照顧等工作。
後續因管線管理責任歸屬問題，讓外界一度將矛頭指向經濟部，張家祝今天辭職聲明中也提及，對於高雄災變，中央與地方責任歸屬，未來自有公正客觀單位加以調查認定，無須推諉卸責。
由於高雄氣爆案，部分政治人物，不斷利用錯誤訊息進行政治操作，甚至對經濟部同仁施壓，也讓張家祝感嘆，有些政治人物心中只有選舉和立場，並沒有真正關心災民和復建。
高雄氣爆案今天適逢罹難者頭七法會，經濟部長張家祝因出席立法院經濟委員會，而委請經濟部次長沈榮津出席，卻被民進黨立委批評張家祝是冷血部長，據了解也讓張家祝相當氣憤，可能也是壓垮張家祝最後一根稻草，後續在下午1時透過秘書告知同仁宣布請辭一事。
這也是張家祝自今年過年前向府院提出辭呈以來，第2次請辭。
對於這一年多來，經濟部多項政策難以推動，形成空轉，張家祝表達已感到心力交瘁，並在聲明中提及，尤其許多在野人士，只有杯葛，沒有是非，罔顧全民利益，不斷癱瘓各項政務，令人完全無法苟同，字字句句透露出他的無奈。