國道計程收費去年底上路，但這個由政府與民間合件的BOT案，一直爭議不斷，交通部高速公路局與遠通電收進行中的合約官司已有3件。
遠通電收表示，高公局所指的收費員轉置缺失改善逾期部分，其實是超出合約範圍，且屬於文書上瑕疵，且只有1人證明文件晚送達1天，卻罰新台幣450萬元，不符比例原則。
遠通電收將向協調委員會提出調解，若調解不成將循司法途徑解決。
高公局與遠通電收已進行中的司法案就有3件，收費員轉置裁罰案恐成第4例。
高公局與遠通電收第1件官司是遠通電收在國道電子收費ETC的利用率，在民國102年6月時只有65%，未達70%合約標準，高公局罰遠通電收4.04億元。
遠通電收向協調委員會申請調解，協調委員會建議高公局酌減違約罰款，遠通電收仍拒付，並向法院提出「懲罰性違約金債權不存在」。
另高公局以遠通電收建置國道電子計程收費門架建置落後，經協調委員會協調展延4個月，仍未如期完成，罰遠通電收1億4000萬元。
還有遠通電收寄出的國道計程收費欠費繳款通知單平信郵資，及超商繳手續費，原本是高公局支付，因立法院要求由遠通電收承擔，高公局一直未給付相關費用給遠通電收，平信郵資每個月約250萬元。
遠通電收以超出合約規定，仍持續每個月向高公局要求支應相關費用，並透過司法程序告高公局。