媒體報導，民進黨稱經貿國是會議「三空洞，一沒有」，即多元參與、政策拘束力、國家整體發展三個空洞，更沒有回應社會需求，國發會晚間發布新聞稿澄清。
國發會表示，經貿國是會議為擴大與會代表參與層面，並兼顧代表性與衡平性，分區會議及全國大會主要透過各界推薦方式，邀請政黨、行政部門、學界及學生、產業界、公民團體、網路社群等推派團體代表或參與者參加。
國發會強調，絕非民進黨所提「參與不夠多元，缺乏正當性」，唯一遺憾的是民進黨未能推派代表參加。
至於經貿國是會議全國大會綜整報告，國發會解釋，主要彙整北、南、中、東分區會議各代表發言重點及網路參與社群意見，並在全國大會再次研商與彙整。
國發會表示，行政院長江宜樺在全國大會閉幕時已強調，經貿國是會議所達成共識意見，將列為未來施政的重點工作，後續將由主（協）辦機關研提具體措施，落實執行。
有關經貿國是會議所討論的全球化趨勢下台灣經濟發展策略、台灣加入區域經貿整合與兩岸經貿策略兩項主軸議題，國發會強調，都是現階段國家發展所遭遇的核心策略問題。