十二年國教今年8月正式上路，但各升學管道，至今已大致跑完一輪，衍生許多爭議；包括一次免試入學的超額比序，部分升學激烈的就學區，家長抗議聲浪一波又一波；明年制度是否會調整，例如改成會考、特招「兩試合一」，或修法改為「先特後免」，即先特招後免試，備受各界關注。
國教行動聯盟理事長王立昇表示，吳思華是高教體系出身，難免讓人擔心能否處理國教難題；教育部長沒有「蜜月期」，希望吳思華能夠多傾聽家長聲音，不要與民意脫節。
全國家長團體聯盟理事長吳福濱指出，十二年國教跑過一輪後，有些制度已有修正的必要；例如特招考試，今年有7個招生區舉辦，明年卻可能只有基北區、中投區舉辦，是否該為少數人再調整政策，有待吳思華的智慧。
除了十二年國教，高等教育也有一些議題仍懸而未決，尤其是學費政策，近年屢屢成為街頭和立法院的辯論焦點，「自由化」和「公共化」路線之爭，至今無法妥協。吳思華在政大校長任內，就曾調整學費，引起不少爭議，上任教育部長後，是否會延續前任蔣偉寧未竟的「常態學雜費調整機制」，或是另起爐灶，值得觀察。
與前任部長蔣偉寧辭職相關的論文量化爭議，科技部正著手檢討相關評鑑、升等、獎勵制度。吳思華今天受訪表示，將密切配合科技部，調整現有制度的弊病，也希望藉此機會，引導學者著重與社會民生相關的研究。
另外像是大學兼任助理納勞健保、公教退休教師轉任私校領雙薪、以及少子女化導致的大專退場轉型，伴隨而來的教職員減薪欠薪失業問題等，都是蔣偉寧任內來不及解決的難題。
教育議題牽涉範圍廣大，各方團體意見紛歧，教育部長需要良好的協調整合能力。馬政府歷來任命的部長如鄭瑞成、蔣偉寧，上任前也都以溝通著稱，吳思華是管理學者出身，對於溝通也相當有自信。
吳思華說，就管理學而言，遇到問題要理性冷靜分析，去理解每一個人的想法，找到解決的方向。他希望在教育部長任內，運用專業，為複雜的教育議題找答案。