幼童可以施打的自費疫苗不斷推陳出新，包括輪狀病毒、4價流感疫苗、A型肝炎疫苗以及肺炎鏈球菌疫苗等等，雖然廠牌不同，價格卻都不便宜。醫師估計，幼童從0到6歲，如果這4種自費疫苗都施打，要花上新台幣2萬6千多元，並非每個家庭都可以負擔。
根據台灣疫苗推動協會針對1,500多名家長調查指出，為了孩子的健康，家長們雖然沒有每種疫苗都打齊，不過平均下來每個孩子自費疫苗還是要花費1萬3千多元。調查也發現，有將近6成5的家長認為政府提供的公費疫苗項目根本不夠。
台灣疫苗推動協會理事長、台大醫院兒科醫師李秉穎說，因為公務預算有限，政府不可能所有疫苗都提供，因此建議採取「部分負擔制」，由家長跟政府各付一部分，一來可以減輕家長的負擔，二來也可讓疫苗種類更多元，減少遇到國際缺貨的壓力。李秉穎說：『(原音)部分負擔的好處就是你的預算減少，可是你可以用更多的疫苗。部分負擔，政府也有一點公告的意義，就是我認為這個疫苗應該打，所以我才會提供部分負擔，這也會增加民眾部分負擔施打重大疫苗的動機。』
對此，疾管署副署長莊人祥表示正在研議相關政策，不過，部分負擔究竟能涵蓋、照顧多少幼童也是個問題，近日疾管署就會邀集專家討論。明年肺炎鏈球菌疫苗納入常規接種後，會優先考慮採部分負擔的方式實施。