澎湖空難48名罹難者身分陸續確認，交通部民航局副局長李萬里表示，目前已經完成所有罹難者的DNA採集，預計26日就可以完成所有的身分比對，確認每位罹難者的身分。
這次也有2名來自法國的女性交換學生不幸遇難，外界關切她們的家屬處理後事時是否需要幫助。對此，李萬里說，家屬希望保留隱私，不願說明，他希望社會給予尊重。李萬里說：『(原音)經過外交部的努力，他們連絡上了，但是對方的家屬認為這是他們家的事情，這是他們個人的隱私，謝謝大家的好意，他不想叨擾大家，所以他不願意公布也不願意去說明。』
此外，交通部也在25日下午2時在澎湖、台北與高雄3地成立「復興GE-222班機空難善後聯合服務中心」，協助罹難者家屬辦理喪葬救助、保險理賠、子女就學、法律諮詢與心理諮商輔導等善後事宜。