蔣偉寧擔任教育部長2年多任內，教育部完成組織改造，原青輔會、體委會併入，多項教育政策如火如荼地推動，但伴隨而來的褒貶批評，也從未間斷。
十二年國教在蔣偉寧上任時已大致定案，但他任內仍作了不小幅度的調整。高中職免學費政策加入排富條款，國中教育會考改成「三等級加標示」，優質高中職認證從高比例通過到10校被撤銷，到近期免試入學爭議，提供更細緻的升學數據等，蔣偉寧屢屢成為媒體追逐焦點。
在蔣偉寧任內，台灣各級學校正好面臨嚴峻的少子化威脅，偏遠地區中小學裁併校不斷，連基隆地區第一學府都出現百名缺額。今年2月，高鳳數位內容學院宣布停辦，更是開了大專退場的第一槍。
伴隨學校裁併退場而來的，是接連傳出的學校經營難題，不少私校傳出欠薪、減薪，教育部疲於奔命協調勞資雙方。另一方面，公立學校則希望調漲學費，師生屢屢走上街頭反對教育商品化。蔣偉寧任內本想推動「常態化學雜費調整機制」，卻在爭議中長期擱置；兼任學生助理爭取納勞健保，國立大學卻苦無財源，至今協調未果。
蔣偉寧的部分政策牽涉到敏感的政治和轉型正義議題，去年6月振聲高中以「鼓動學潮」為由，懲處發行報紙評論校務的學生，引爆校規檢討運動，教育部發動長達1年的通盤檢討，總計廢除了69種不合時宜、語意不清或侵害人權的校規。
另外，教育部、國家教育研究院對高中歷史課綱進行「微調」，對日本殖民統治、國民政府時期的內容增加中立描述，被在野黨批評為「去台灣化」，甚至傳出綠營執政的6縣市不配合調整，成為蔣偉寧任內最具爭議的事件。
在國教紛擾之時，高等教育也頻頻發生爭議事件；102年爆發的「假發票案」，多位教授遭起訴，蔣偉寧和中研院長翁啟惠、時任國科會主委朱敬一等「教育三巨頭」聯合發表聲明，並推動多項修法，釐清學術經費使用的特殊狀況。
然而導致蔣偉寧辭官的學者陳震遠涉嫌偽造論文審查風波，也觸發各界對學界「潛規則」的檢討聲浪。
配合政府推動自由經濟示範區，教育部也提出「教育創新」，希望吸引外國知名學府來台設分校，卻因涉及鬆綁學費、勞動保障、公共監理、校園民主等規定，引起不少爭議，至今沒有共識。