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受到近來食安風暴一連串的影響，國人飲食習慣也隨之改變，加上受到攝取植物性蛋白質較為健康的觀念影響，這也讓食用豆製品的人增加許多；但是卻鮮少有人去探究，自己所食用的豆製品到底屬於哪一類型的豆。
自1990年代起，台灣為加入WTO，將農業門戶大開，如今國內每年從美國及中南美洲進口250萬公噸黃豆，其中有高達9成皆是基因改造豆（簡稱基改豆）；同時，由於基改豆價格較低，有些廠商為降低原物料成本，而將這類的豆子製造成不同的產品販售到市面上。事實上，這類的基改豆，在國外是用來榨油、當飼料用的二號選豆，來到台灣卻成了豆製食品直接吃下肚。
師大化學系教授吳家誠就曾撰文指出，由於現行的管理規範與制度影響，通常只經過最長九十天的動物實驗，無法完整表達生物每代之間的轉變與影響程度，由於基改食品對人體、環境的影響存有風險，因此食品包裝應明確標示食品是否為基改原料成分。
根據消基會的調查發現，目前市面上有9成食品沒有特別標明產品是否含有基改黃豆的成分，致使許多消費者在不知情的情況下吃進肚。像是黃豆製品，按現行法令規範，以基因改造黃豆或玉米為原料，且該等原料占最終產品總重量5%以上的包裝食品，應標示「基因改造」或「含基因改造」字樣；也就是說，即便大方在包裝上標示為「非基因改造」，真正使用非基改豆的比例也未必是100%。
此外，消基會的調查報告還顯示，在傳統市場購買到的黃豆製品、豆漿等散裝或已烹調的食品，並未納入基因改造食品標示範圍，形同為業者開一扇方便之門，但卻未完全保障到消費者。
然而，放眼其他國家的食品摻雜基改食品原料容許率，韓國僅有3%(非基改原料比例須超過97%)、澳紐1%(非基改原料比例須超過99%)、歐盟更低，只容許0.9%(非基改原料比例須超過99.1%以上)，相較之下，台灣標準明顯過於寬鬆。
年初立委田秋堇曾召開記者會表示，我國應比照歐盟高標準，保障消費者權利，衛生署福利部則指出，今年6月已將修訂重點包括「包裝食品、食品添加物、散裝食品含基因改造食品原料標示應遵行事項」等3草案，擴大基因改造食品原料標示實施範圍，將現行包裝食品擴大至食品添加物及散裝食品；非基因改造食品原料非有意摻入基因改造食品原料降至3%，預計自105年1月1日起依對象及品項分階段施行，以保障消費者知的權利，給予消費者選擇的自由。
知名豆腐業者表示，在法規正式更改上路之前，消費者還是必須挑選信譽好且標示明確的包裝豆製食品，才能食得安心。