媒體報導，台紐經濟合作協定簽署後，自紐西蘭進口奶粉關稅降為零，但奶粉售價竟然不跌反漲。經濟部回應指出，奶粉原物料缺貨，價格大漲，若沒有台紐經濟合作協議讓紐西蘭奶粉進口零關稅，衝擊將會更大。
經濟部指出，奶粉業者自去(2013)年12月1日台紐經濟合作協定生效後，並沒有調整建議零售價格的情形，媒體報導的只是單一賣場售價，價格本來就會因為銷售策略而有所波動。
以媒體報導漲價21％的「味全果汁奶粉」為例，今(2014)年6月均價為325元，雖然較去年7月269元漲21％；但「味全果汁奶粉」自2012年2月起，就有賣過370元的紀錄，時間拉長來看，價格反而下跌。
經濟部表示，台紐經濟合作協定生效後，「嬰兒奶粉(1歲以下)」、「幼兒奶粉(1歲以上)」及「乳粉」關稅，分別由原5％、12％及10％降至0%。觀察近期自紐西蘭進口奶粉的平均單價變化，「嬰兒奶粉(1歲以下)」，2014年1月至5月較去(2013)年同期上漲9.5％，「幼兒奶粉(1歲以上)」上漲11.3％，「乳粉」也上漲49.9％，顯示今年以來奶粉進口成本呈上揚趨勢。
經濟部認為，全球奶粉原物料成本大漲，平均漲幅達50％，奶粉主要生產國澳洲，今年氣候惡劣，奶粉製品大減，加上中國大陸及印度中產階級興起，對奶粉需求急速增加，需求大於供給，奶粉原物料價格因此大漲。如果沒有簽台紐經濟合作協定，台灣市售奶粉價格受影響更大。
國內市售奶粉品牌及品項眾多，經濟部指出，個別品項的漲跌，是個別事業考量市場供需、成本因素及行銷策略後自行決定，為市場機能運作的結果，政府會予以尊重。
不過，經濟部也強調，尊重市場機能運作，並不表示政府會放任業者不合理漲價，尤其台紐經濟合作協定生效後，奶粉業者相關價格波動情形，公平會已主動立案調查中，倘查獲業者具體違法事證，即予嚴懲。