經濟部表示，目前貨貿的協商希望優先爭取台灣出口的主力產業，如石化、面板、工具機等台灣具競爭力的強項，爭取雙方對等互惠開放市場，擴大台灣出口。
此外，有部分產業的商品雖然目前沒有出口到中國大陸，但因大陸商機擴大而受高度關注，如汽車。經濟部也將要求大陸降稅，爭取出口機會。
針對大陸進口台灣部分，經濟部認為，如石化原料、鋼鐵等屬於國內產業生產所需的原料或零組件，可以優先考量開放國內市場，有助於國內業者降低原料取得成本。
不過，經濟部也強調，針對敏感產業，政府也會爭取有利的降稅條件。如關稅較高的產業，將爭取採分年開放方式，避免立即降稅對產業造成影響。
而國內內需型及競爭力較弱的產業，如毛巾、織襪、石材、陶瓷等，則將運用協商策略爭取不開放或不降稅或較長調適期，並持續輔導產業升級轉型，降低國內產業的衝擊。
雙方對兩岸貨品貿易協議至今已進行8次協商，目前雙方正就產品降稅安排、市場開放比例及產品特定原產地規則等議題充分交換意見，並就彼此重點關切產品進行討論。
在服貿爭議後，朝野決定先行通過兩岸協議監督條例，再據此審查後續兩岸協議，但至今兩岸協議監督條例仍因朝野不和，卡在立法院無法審議。
行政院大陸委員會副主任委員吳美紅表示，政府仍會依照政院版兩岸協議監督條例進行公眾溝通，但期望朝野儘速通過條例，讓相關機制順利運作。