臧振華任職於中研院歷史語言研究所，他參與多項考古調查工作，為島嶼拓殖與南島語族擴散理論，做出一番貢獻。
民國84年政府準備開發台南科學工業園區，選定的區域被學者發現，可能藏有大量古代文物，展開長時間的調查和挖掘，先後發現58處遺址。南科遺址挖掘規模、耗費時間，都是台灣考古學史的紀錄，而這項計畫的主持人正是臧振華。
南科出土資料為史前文化提供了關鍵證據，例如發現台灣最早的稻米、小米種植，以及動物飼養的證據，相關報告將於近年陸續發表，可望為台灣、甚至東南亞和太平洋地區的歷史投下震撼彈。
臧振華參與的考古調查無數，中研院副院長王汎森指出，民國98年臧振華對台東縣八仙洞遺址進行密集調查，在面海峭壁上新發現13處洞穴，出土大量舊石器時代遺物，改寫了日據時代以來學界對台灣史前史的定論。
民國100年臧振華和西班牙學者合作，在基隆和平島嘗試找尋西班牙據台時期的遺跡，發現二小段石牆，疑似是修道院的遺址。
臧振華同時也是台灣水下考古學權威，參與澎湖、安平、綠島、東沙環礁等多處海域調查，至少辨識出78處沉船。
臧振華表示，考古學不可能單打獨鬥，任何一個遺址的開挖，都需要大量人力投入，因此院士殊榮必須和所有同事一起分享。
臧振華說，很多人認為考古是象牙塔裡「孤芳自賞」的學問，跟一般民眾的生活毫無關係。他則認為考古不僅能重建歷史、保護文化資產，更重要的是瞭解人類歷史長時間的變化，為地球的永續發展，提供更多的觀點。