〔自由時報記者鍾麗華／台北報導〕科技部最近檢討行政命令，仍賦予中國至台灣海域從事海洋研究的權利，而外國學術機構欲申請須透過使領館提出，以彰顯我海洋主權，但中國僅透過台灣學術研究機關申請即可，對此雙重標準，學者批評，從申請程序可看出馬政府「一中」思維，根本不該讓中國海測船藉科研名義暢行台灣海域。
學者：中國犯台敵意未減 我應直接禁止
另有學者強調，中國犯台敵意未減，我方應直接禁止中國船隻與人員來台從事相關研究。
科技部預告修正「在中華民國專屬經濟海域或大陸礁層從事海洋科學研究許可辦法修正草案」，過去對於中國與外國來台研究，一般人民即可申請許可，現改由學術研究機構提出；中國學術研究機構須由合作的台灣學術研究機構向主管機關申請許可，外國學術研究機構則須透過雙方的使領館、代表處、辦事處等提出。
科技部解釋，該許可辦法從二○○○年實施以來，最近僅有一件中國福建省地震局的申請案，但因相關部會對於中國研究船有疑慮，故未通過，其他國家則有十餘件研究案。而「中華民國專屬經濟海域及大陸礁層法」並未禁止中國來台研究，相關子法必須照辦；至於中國與外國申請程序的差異，過去一向如此。
海洋科研成果 可供軍事與經濟侵略之用
台大法律學院教授姜皇池說，海洋科研幾乎皆可轉為軍事與經濟侵略之用，中國專家多次公開表示「海洋科研是以科學研究為名，竊取海洋情報，以便侵略海洋資源，做為爭霸海洋、侵略和掠奪政策的一種工具。」他認為，在國安疑慮未解之下，科技部應比照兩岸條例，對中國與外國船舶分開處理的方式，限縮中國來台進行海洋科研。
姜強調，縱使要開放國際合作，也應設法凸顯我管轄權，「海洋法公約」或聯合國「海洋事務與海洋法處」均建議由外交管道提出申請。在兩岸特殊情況下，中國外交部不可能向台灣提出申請，但至少應要求研究機構主管部會或海協會提出，如此也可彰顯馬總統說的「互不承認主權，互不否認治權」。
成大法律系教授許忠信認為，中國海洋調查船除一般水文、海洋資源及石油探勘外，極有可能從事軍事情報蒐集。在中國犯台敵意未減下，科技部如要修法檢討，就應直接禁止中國船隻與人員來台從事相關研究，而非把中國與台灣當成同一國，省去由海協會提出申請的程序，難道是要兩岸共享大陸礁層與經濟海域的主權與資源？