馬總統在薩爾瓦多當地時間2日與媒體茶敘時，媒體問到金溥聰視察情報單位與機關，是否侵犯總統職權？事前是否與總統溝通過，或是經馬總統授意？
馬總統說，大家如果去看一看中華民國憲法增修條文、國安會組織法，看看國安局相關組織法規，應該都很清楚，國安會秘書長當然是總統的幕僚長，主管業務不限於國防、外交與兩岸，國家的其他重要狀況也是可以關心；「不過大部分的時間大概都被國防、外交、兩岸吃掉了，因為這些領域都非常吃重」。
「他如果不去瞭解情況的話，他怎麼做我的幕僚長？」總統說，這是很關鍵的問題，金溥聰不能只看這些機關給的書面報告，「他自己還是要去瞭解」；尤其是兩岸關係改善之後，大陸一年有這麼多人來台灣，兩岸關係影響到國際關係，也對於其他方面與國內安全都有非常重要的影響，必須去關心。
總統說，從過去幾年的例子看來，中共對台灣的工作做的非常積極，他在很多場合，這3年來，也不斷跟國安局強調國家安全這方面的工作一定要加強。
所以，總統表示，「金秘書長他身為國安會的秘書長，他主管的業務，包括這些項目，他如果不去瞭解，我都覺得他會失職」，「我希望是盡可能有第一手的資料」。
因此在這方面，總統表示，金溥聰不需要他的授權或示意，法律上規定的很清楚，大家打開來看看就知道。