針對張志軍在西子灣會館遭抗議人士潑漆，陳菊重申，張主任所有在高雄會談及相關行程，由陸委會主導，地方政府配合，西子灣景色優美，地形卻不利於維安易受襲擊，對訪客的人身安全有所疑慮，市府重視客人的安全，多次反映會談地點不適當，遺憾陸委會未當機立斷更改地點。
對於總統談話，陳菊表示，馬總統在專機上發言與事實相悖，她不願揣測任何動機，若此次兩岸會談維安有不當之處市府團隊深切檢討，但陸委會身為處理兩岸事務的重要機構，理應提供國家元首正確資訊。
陳菊說，市府對於兩岸關係及發展政策可受公評，與張主任晤談時，陸委會人員全程參與，絕非閉室密談不能公開，此外，陳菊也說，她是早期社會運動的一份子，民主老兵未必凋零，近來年輕世代崛起，具有高度理想，她尊重年輕朋友的自主性，也給予高度祝福，必要時也將給予協助，為台灣社會努力。