外界質疑，「國際健康產業園區」不受《醫療法》相關條文規範，將方便社團法人在自經區內進行營利行為，讓營利醫療部門因為業務量增加而擴張，恐排擠非營利醫療部門的經營；而自費醫療大門一開，更恐帶動醫療費用全面上漲，影響一般民眾就醫權益。
對衛福部稱國際健康產業園區僅一到兩個，每區約200床、需100名醫師，不會有健保資源的排擠問題。但目前「後廠」已有39家醫院成立國際醫療，有1/10床位限制，當未來「前店」的醫療業務擴張，後廠的國際醫療比率就會從現有不到1%提高到上限的1/10，必會瓜分現有的健保資源。
而依管理辦法，現行國際醫療得專人、專床及專區，但因沒有罰責，絕大多數醫院的國際醫療與國人自費幾乎是混在一起；衛福部現在沒有管理能力、怎能保證自經區開放後能有效管理。