草案第4條為「本條例之主管機關為經濟部」。
民主進步黨立法院黨團提修正動議，認為示範區主管機關應由經濟部改為國家發展委員會。
民進黨籍立法委員吳秉叡表示，示範區構想由國發會前身行政院經濟建設委員會提出，條例也由國發會草擬，且條例牽涉內政部、交通部與科技部等，許多事項需跨部會協調整合，非經濟部可承擔。
他說，國發會由經建會提升、擴大編制，應由國發會自負示範區成敗責任；修正國發會為主管機關，也能讓示範區規劃、特別法立法及後續推動得以一貫。
民進黨團總召集人柯建銘、民進黨籍立委李俊俋質詢經濟部長張家祝、國發會主任委員管中閔表示，示範區為什麼不由國發會主管？
張家祝答詢說，若涉及跨部會事項，由行政院協調，經濟部負責後續行政程序處理，是執行單一窗口概念；管中閔表示，示範區後續需跨部會討論，國發會將繼續參加。
民進黨籍立委陳明文質詢管中閔說，自由經濟示範區的「自由」定義是什麼？台灣還不夠自由嗎？
管中閔表示，目前經濟規劃包括強化經濟多元性、創新性與全球性，自由經濟示範區銜接全球性和創新性。台灣經濟一直在自由經濟道路上，但如果還停留在1970年代自由程度，「我不認為現在能叫自由」；和鄰近國家相比，別人進步很多，台灣沒跟著進步，「我也不認為這叫自由」。