國安會秘書處依法只是秘書單位性質，秘書長只是幕僚長，但在扁政府及馬政府任內卻不斷擴權變身，從秘書單位變成具有研究國安政策功能的「幕僚單位」，如今更成為可實質掌握國安情報工作內容的「準情報單位」，總統必須在國安授權上自我節制，以免造就出無法監督的龐然怪獸。
國安會原本就是個可大可小的組織，一切端視總統授權多寡而定。總統授權多，國安會就活了起來，若總統只將國安會晾在一旁，根本不授予重要權限，國安會就是空殼子，就如蔣緯國擔任國安會秘書長時，根本無事可做，但蔣緯國卸任，由李登輝重用的施啟揚接任國安會秘書長時，國安會就又活了起來。
一九九三年，國安會組織法完成立法，但當年國民黨內主流與非主流之爭，在擔心李登輝大權獨攬下，國安會的功能被限縮在特定領域，國安會秘書處也定位為「秘書單位」。
扁政府時期修正了國安會組織法，國安會秘書處大幅增加聘用人員，不僅增加國安政策研究上的功能，也造成國安會各項專案議題功能的大爆發，定位也轉變為「研究單位」。但也因陳水扁總統對國安會秘書長邱義仁的充分授權，讓國安會秘書長一職，成為實質的情報頭子，並且凌駕在國安局長之上。
馬英九時期的國安會，功能非但沒有被弱化，反而因為秘書長人選的接替，從原本幕僚長的角色，轉變為類似美國國家安全顧問的型態，就某種程度而言，國安會秘書長已經實質成為國安局長的頂頭上司，而國安會秘書長在情工法及相關法規修正後，也變相擁有部分情報指揮權，國安局長進行反間諜運用時，須先向國安會秘書長報告，這無異是讓國安會秘書長及秘書處再次變身，朝「準情報單位」邁進。