十二年國教免試入學分發，基北區總共採計三種成績，包括「多元學習表現」、「志願序」以及「及國中教育會考成績」，都各占30分，總分90分。由於多元學習表現，國中幾乎都會給學生30分滿分，會考成績和志願序成為影響學生分發學校的兩大因素。
會考共考5個科目和作文，每個科目成績分為A、B、C三個「等級」，等級又分為A++、A+、A、B++、B+、B和C，共7種「標示」；作文則分為1到6級分（最高6級分），但標示和作文不計分，僅做為優先錄取順序的比序使用。
學生每拿一個A得6分（5科滿分30分），B得4分，C得2分。若學生5科成績同分，將先比作文級分；若作文相同，才進一步比較標示，決定錄取順位。
最關鍵的志願序計分方式，則為第一志願得到滿分30分，第二志願扣一分、僅29分，第三志願28分，其他志願往後以此類推。由於志願序占比重高，又容易因選填不慎被扣分，成為免試入學比序關鍵。
免試入學規則確定之後，爭議隨之而來。首先是多元學習表現，國中幾乎都會給學生30分滿分，給分流於形式，對於分發比序幾乎沒有意義。
而會考成績比序，先比作文級分再比標示，引發基北區家長團體質疑，作文的評分全憑主觀看法，為何可以比有客觀標準的標示還重要？
對此，教育部解釋，標示只用於解決學生超額時的抽籤問題，所以放在最後比。但免試入學簡章發布後，發現高雄區卻可先比標示再比作文，台北市教育局和教育部互踢皮球，說不清到底為何只有高雄區可以與眾不同。
家長批評作文定生死太過八股，實際上就有基北區家長在臉書上分享，家中雙胞胎考了一樣的成績，都是4個A++，1個A+，哥哥作文6級分上建中，弟弟作文4級分上海山高中，諷刺「感謝政府德政，讓孩子早早就認知何謂一篇作文分勝負」。
而志願序扣分的制度設計，讓填志願技巧成為決勝關鍵，更引發家長批評「填志願像賭博」的軒然大波。
因為學生如果志願選填不當或判斷錯誤，第一志願沒錄取，極有可能第二志願以後被扣分而一路滑落，導致「高分低就」，甚至落榜。
舉例來說，假設一個學生第一志願選填建中、第二志願選師大附中，若是因為作文較低或標示的A++比別人少沒被建中錄取，在附中得到的志願序成績只有29分，就比不過把師大附中填第一志願、拿到30分的學生。
因此學生知道自己的成績排序極為重要，才能判斷志願如何填；但教育部堅持「不要分分計較」，僅提供個人成績序位百分比查詢。
在資訊不夠充足的情況下，家長和學生的擔心成為事實，放榜後就有女學生在臉書說，自己拿了4個A++、作文六級分，僅數學一科拿A+，第一志願填北一女中，不僅沒上，還一路滑落，30個志願通通沒錄取，造成高分落榜。
其實，從十二年國教種種做法來看，不難發現是為了將成績優秀的學生，從集中於明星高中打散到各個高中，塑造「每個學校一樣好」的表象；壓縮會考成績占比和提高志願序重要性，也企圖打破「學科成績優秀的學生具有優先選校權」的傳統觀念。
但制度設計上，卻讓填志願技巧凌駕於學生的學習成果之上，學生選學校有點像賭博，已經無關乎「適性入學」、「就近入學」、「減輕升學壓力」的十二年國教初衷。