台北故宮國寶赴日展出，因部分日本文宣未標示「國立」二字，馬政府罕見大動作回應，對日態度顯得強硬。然而，當台北故宮到中國去，則強調「暫時擱置本院全銜」，還將「擱置政治爭議」列為具體成效；在其他領土爭議或主權矮化等爭議事件上，馬政府對中、日兩國均出現雙重標準、軟硬有別。
二○○八年馬英九總統上任之初，處理我方漁船在釣魚台海域遭日艦撞沉，當時行政院長劉兆玄於立法院答詢時表示，對日方不排除「不惜一戰」的可能。此外，二○一二年台灣漁船集結宣示釣魚台主權，護漁的海巡署船艦也與日艦以水柱相互噴擊。
相較之下，面對與中國，馬政府回應明顯低調、軟化；例如二○一二年中國發行新版護照，將台灣劃入中國領土，內頁還有日月潭等台灣景點，但面對外媒詢問，馬政府竟然僅以「注意到此事」回應，也未向北京抗議。
二○一三年中國單方面公布「東海防空識別區」，引起美日韓等國強烈反彈，馬英九竟宣稱中方作法不涉及領空、主權等問題，遲至十多天後才在國內外壓力下改稱中方作法無益兩岸關係，並表達不希望中國在南海劃設防空識別區。
除領土爭議，在面臨國格矮化的主權爭議事件上，馬政府對中、日也展現不同態度。二○○八年海協會長陳雲林訪台，馬政府面對抗議民眾，竟然禁止其在公共場合攜帶中華民國國旗，警方甚至搶奪並折斷民眾的國旗、逮捕攜帶標語之民眾；遭各界批評自我矮化。
本月初中國外交部向聯合國宣稱有權採一切適當方式收復台灣、澎湖，外交部竟稱「五十五年前」就抗議過，並拖了超過一週才以新聞稿低調表達不接受；中國國台辦發言人范麗青稱台灣未來須由全中國人民共同決定，馬政府也只以新聞稿澄清，馬本人面對詢問則以「我們都說得很清楚了」帶過。
這次故宮國寶赴日交流，馬政府為了文宣品有無「國立」二字態度強硬，但二○○九年前故宮院長周功鑫赴北京交流，事後報告竟強調「暫時擱置本院全銜」，還將「擱置政治爭議」列為具體成效；去年故宮院長馮明珠在北京的演講被標示為「台北故宮馮明珠院長專題演講」，卻未抗議。