移民署金門國境隊表示，到5月，全國自動通關申請154萬人次，使用1219萬人次；其中金門水頭碼頭申請4萬1638人次，使用69萬646人次，平均每天使用人次從民國100年的348.1人次增加到今年1到5月的866.5人次。雖然小三通入出境人次下滑，但自動通關使用率逐年增加；101年平均每天545.5人次，102年751.6人次。
金門小三通入出境人次在民國100年達到最高峰的147萬4700多人次，民國101年下滑到145萬8200多人次，民國102年再下滑到135萬3300多人次，今年1到5月較去年同期增加4萬5100多人次。
旅客自動通關系統民國100年3月29日先在水頭碼頭試辦，民國101年1月1日在水頭碼頭、松山機場、高雄機場、桃園機場、台中機場、高雄機場實施。金門水頭碼頭設置出境3座、入境4座自動通關閘道。