國道電子收費上路後，就風波不斷。去(102)年12月，交通部長葉匡時信誓旦旦答應7月非eTag用戶可享9折通行費，但如今卻驚傳「跳票」。高公局推稱遠通電收新系統尚須2~3個月測試，正式上路日期還未確定，非eTag用戶恐怕還要再等等。另外，遠通電合作超商門市不夠普遍，讓非用戶繳款不便，也導致民怨四起。
國道電子收費去(102)年底上路，為鼓勵民眾用eTag儲值付款，高公局明訂eTag用戶可享通行費9折優惠。但立委認為通行費不應有身分區別，去年底提案通過，所有按時繳費的用路人均享相同折扣，而交通部長葉匡時也承諾計費制上路後半年，未申裝eTag的用路人同樣享有9折。也就是說，今(103)年7月起，20萬的非eTag用戶在3天內準時繳費都可打9折。
眼看承諾的時效將至，高公局則表示，遠通電收新系統本(6)月將開發完成，推估還須要2~3個月的測試階段，確認沒有問題才會實施，而切確日期還未訂。遠通電收則指出，系統剛開發完成，已經符合立法院的要求，而開發新系統並不在合約範圍內，因此將向高公局請款。
根據遠通電收統計，eTag用戶現有581萬，非eTag有20多萬用戶。每天交易量約1,400萬筆，其中9成4為eTag交易，另外6%的84萬筆是非用戶交易。而非eTag用戶繳通行費，不必付5元手續費的據點，目前已擴增至全台遠通服務中心、遠傳門市、中油直營站、郵局及OK超商等3,700個據點。
不過，民眾紛紛抱怨，遠通電收超商只挑OK，營業據點僅870個門市，到7-11、全家或萊爾富等8千多個據點繳費，還是要被迫支付5元手續費，並不符合大眾期待。而且高公局的承諾跳票，根本是技巧性護航，任憑遠通電收予取予求。