針對會考爭議，教育部長蔣偉寧12日在行政院會後記者會表示，12年國教第一年碰到很多困難，教育部之後都會檢討改善，但最重要的是最後順利跨出這一大步，教育部也會跟地方政府研議討論，希望以夥伴的關係解決問題。蔣偉寧說：『(原音)在這個時點上，我想要做最關鍵的，就是怎麼樣讓12年國教第一年往前邁進，碰到很多困難，可是還是順利把這一大步跨出去，這是我現在最重要的責任。整個發展歷程，中央跟地方的夥伴關係在推動這件事情上，出現這些問題，我們誰要負責任？我們當然無庸置疑要檢討，有確實有家長憂心，這就不該發生，所以在這些事情完成後，我們會積極檢視、會積極處理。』
會考志願序計分、超額比序等爭議引發強烈抨擊，要求追究責任。蔣偉寧承諾，教育部一定會檢討，責任就在他的身上。他說：『(原音)我想這樣，很明確，我講責任到我這裡，整個事情的推動，12年國民基本教育，有前人努力，中間的參與，現在也不見得所有人都在位置上，可是我現在擔任這個工作；至於制度的調整，各方面都在調整，責任檢討一定會完成，you have my words，我們一定會做檢視。』
蔣偉寧表示，目前不是究責的時間點，現在最重要的就是一免20日放榜之後，能盡快讓錄取學生就定位，他希望學校能盡快邀請學生到學校瞭解辦學特色，接下來進行特招跟二免，讓制度穩定。