國教署長吳清山表示，教育部已經開始針對免試入學超額比序項目如何簡化進行檢討，包括是否訂出超額比序的上限，以及部分科展和運動競賽等是否該列為無效比序。
對於學生不知道該如何選填志願，吳清山說會考慮將學校分組，讓學生更容易選擇。吳清山說：『(原音)所以我們要做一個檢討，不排除幾個學校排成一組的方式，讓考生假如他們對這些學校看法一樣的話，它可能這一區就是同一個分數、同一個位階，這樣讓學生來判斷學校、選擇學校可能比較方便。』
儘管超額比序是由各就學區自行決定，事後引發爭議，教育部卻反而成為眾矢之的。吳清山對此強調，身為執行單位，制度設計造成考生家長的不安，他內心表達歉意，未來做好有效控管。
另外，人本教育基金會則要求教育部要檢討，真正做到全面免試入學，落實12年國教精神；他們也批評地方政府同樣應該為各就學區超額比序引發的爭議認錯，而非置身事外，將所有責任都推給中央。