李前總統時代 嚴禁國安會介入國內事務
黃昆輝說，總統有三大幕僚長，參謀總長管軍事，國安會秘書長管國安，總統府秘書長管行政，這三大幕僚長都是直接向總統報告，沒有決策權，「如果總統府秘書長直接去指揮行政院或部會，那成何體統」？金溥聰不僅越權濫權，還架空行政院、法務部、內政部，比總統還大！
黃昆輝說，法有明訂，國安會組織法第六條規定秘書長職權為「承總統之命，依據國家安全會議之決議，處理會務，並指揮、監督所屬職員」。國安會秘書長只能監督指揮國安會及國安局的職員而已。
民進黨發言人林俊憲批說，國安會秘書長性質是幕僚，金溥聰竟以「國家安全」名義視察移民署、警政署等機關，聞所未聞，這種理由如果可以成立，國防、外交、警檢調也都可以視察，根本無所不包，金溥聰儼然以「地下總統」自居，馬英九總統不該縱容部屬如此濫權。
國民黨反咬民進黨 指邱義仁涉「巴紐案」
對於外界批評，國民黨昨聲援金溥聰作為合憲依法，指國安會秘書長在國安局統籌下，視察國安團隊相關機關，為職責所在，並無不妥，而且金溥聰是為深入了解攸關國家安全的反情報滲透、反情報部署等業務，親自至警政署等國安團隊相關機關，聽取有關國家安全業務說明。
國民黨發言人陳以信並反咬民進黨執政時期國安會秘書長邱義仁公然涉入「巴紐案」、「安亞案」等外交專案，甚至召集輔選會議，才是真正不務正業的越權、濫權，綠營批金是雙重標準。
民進黨反擊 邱義仁案件全部獲判無罪
不過，林俊憲反擊說，邱義仁的案件全部獲判無罪，且是執行總統及國安會決議，並無踰越國安會秘書長職權，反觀金溥聰，是在於法無據的情況下破壞體制，國民黨不要隨便類比、轉移焦點。