民進黨黨主席蔡英文表示，自由經濟示範區條例行政院版本內容空洞，有些條文甚至是空白授權。她強調示範區不該遍地開花，而是應先集中資源、發展目標產業。
國家發展委員會表示，示範區規劃創新週延，均有法源依據，為小範圍內推動法規鬆綁與制度創新，僅部分開放而非全面開放，且為維護國家安全，仍有諸多限制措施。
其中，包括管制性大陸產品不得內銷、不開放陸籍醫事人員來台執業、不開放大陸院校參與教育創新；示範區特別條例未規定者，業者仍須遵守國內公司法、食品衛生管理法、公平交易法等相關法制規範。
另外，示範區自民國102年3月政策規劃時，就開始與外界進行廣泛的討論溝通，已辦理或參與逾300場溝通說明活動，直接接觸逾1萬2000人，並透過網路、媒體等多元管道進行說明，公開透明，絕無黑箱。
同時，示範區特別條例(草案)授權行政機關訂定辦法或命令，為考量行政專業性，就技術性、細節性、賦予行政管理彈性，為行政法制一般通例。且各項子法若有違反、變更或牴觸母法等情事，立法院得依「立法院職權行使法」使不當命令失效。
國發會說，示範區的推動與國外經濟特區不同，示範區的重點在法規鬆綁與制度創新，為避免全面開放可能帶來的衝擊，目前僅有8處實體園區，透過示範區小規模試行以凝聚國內共識後，如成效良好，才會推廣到全國適用，以降低全面自由化的影響。
國發會表示，示範區相關推動國際健康產業、教育創新及服務業的開放與鬆綁措施，都有助提升國人福祉。