內政部指出，澎湖南方四島國家公園是行政院於95年12月19日核定東沙環礁國家公園計畫時指示由內政部營建署海洋國家公園管理處統籌評估規劃，在澎湖縣政府的支持與協助下，以「資源永續」、「民眾權益」及「國民育樂」三贏為規劃目標，以帶狀方式涵蓋了東吉嶼、西吉嶼、東嶼坪嶼及西嶼坪嶼和周邊島礁與海域，陸域總面積為370.29公頃，約有14.6個大安森林公園這麼大，海域面積為3萬5,473.33公頃，約1.3個臺北市大小，全區面積共3萬5,843.62公頃，以生態資源保育與永續利用為國家公園的設置目標。
澎湖南方四島國家公園的地理位置為潮水交會處，將運用「種原庫」的概念維護核心的珊瑚礁棲地，有助於澎湖海域資源的永續保育，另運用四島的特殊地質、海洋及人文資源，以發展海洋環境教育為願景，讓國人瞭解我國的海洋特色。並以維護自然生態環境與資源為宗旨，促進區域整體發展，呼應世界各國積極對海洋保育的趨勢，與國際接軌。
內政部強調，澎湖南方四島國家公園未來將統籌納入內政部營建署海洋國家公園管理處經營管理，不另設管理組織。未來海管處將邀集專家學者、政府相關機關、漁會代表、地方代表及地方熱心公益人士，設置經營管理諮詢委員會，協助區內經營管理工作，推動自然生態保育、環保旅遊與永續發展。