根據內政部資料，澎湖南方四島國家公園的地理位置是潮水交會處，內政部將運用「種原庫」的概念維護核心的珊瑚礁棲地，有助澎湖海域資源的永續保育。
內政部將運用南方四島的特殊地質、海洋及人文資源，以發展海洋環境教育為願景，讓民眾瞭解台灣的海洋特色。
內政部指出，澎湖南方四島國家公園是行政院95年12月19日核定東沙環礁國家公園計畫時指示由內政部營建署海洋國家公園管理處統籌評估規劃。
內政部說，在澎湖縣政府的支持與協助下，以「資源永續」、「民眾權益」及「國民育樂」三贏為規劃目標，以帶狀方式涵蓋了東吉嶼、西吉嶼、東嶼坪嶼及西嶼坪嶼和周邊島礁與海域，陸域總面積為370.29公頃，約有14.6個大安森林公園大，海域面積3萬5473.33公頃，約1.3個台北市大小，全區面積共3萬5843.62公頃。
內政部長陳威仁指出，台澎金馬都是島嶼，保護海域資源十分必要，經過近年的資源調查與研究發現，澎湖南方四島具有豐富的海陸域生物資源、玄武岩火山地質及島嶼的聚落建築與歷史文化，具有成為國家公園的優良條件，因此推動成立為台灣第9座國家公園。
陳威仁說，報經行政院於今年3月10日核定，並定於今年6月8日國際海洋日正式公告實施，有特殊意義，並可望在10月掛牌。
內政部指出，澎湖南方四島國家公園未來將統籌納入內政部營建署海洋國家公園管理處經營管理，不另設管理組織。
內政部說，未來海管處將邀集專家學者、政府相關機關、漁會代表、地方代表及地方熱心公益人士，設置經營管理諮詢委員會，協助區內經營管理工作，推動自然生態保育、環保旅遊與永續發展。