內政部回應，並未強迫要求冠國名，只是善意建議與勸導，如「公民組合」不願意，也不會刁難。
林峯正批要求冠名作法違憲
林峯正表示，人民團體法沒有如此規定，內政部管太多，大法官釋字四七九號解釋文就曾宣告內政部這個作法違憲。
民國八十八年公布的大法官會議四七九號解釋文指出，關於團體名稱的選定，攸關其存立之目的、性質、成員的認同及與其他團體的識別，屬於憲法結社自由保障的範圍。內政部訂定「社會團體許可立案作業規定」第四點關於人民團體應冠以所屬行政區域名稱的規定，逾越母法意旨，侵害人民依憲法應享之結社自由，應即失其效力。
公民組合是在三月三十一日與四月十四日分別向內政部送件；公民組合在臉書上公布內政部兩次回函，都建請公民組合冠上「中華民國」或「台灣」字眼，理由是辨明主管機關及組織區域；內政部還建請公民組合的名稱擇用「社」、「會」、「協會」等文字。
公民組合批說，人團法有哪一條規定一定要加上這些字眼呢？
規劃投入下屆立委選舉的公民組合，第一階段決定先登記為社團，並有意進一步籌組新政黨，目標鎖定二○一六立委選舉。
林世煜批說，官方的作法實在是太扯了，也實在太荒謬，是等著要大家「路過」嗎？公民組合將「隨時」第三度遞件，「我們的名稱就是公民組合，一個字都不會改」！
內政部︰便於做區隔 但不勉強
內政部則指出，冠國名才能與地區團體做明顯區隔，例如「中華民國」養雞協會與「彰化縣」養雞協會，從名稱就能清楚辨識主管機關，增加行政便利。至於「公民組合」懷疑內政部故意拖延申請程序，內政部官員強調，兩度退件是因為公民組合在宗旨、任務寫得不清楚，所以請他們具體說明，而回函要求補件的內容也絕不是「公民組合」貼在臉書上的僅一頁、要求冠國名而已。