「財團法人立德大學」98年2月23日對王榮昌背信、侵占、偽造文書等案件提告，校方指控，王榮昌取得廠商發票、開立遠期支票尚未付現時，虛偽登載交易已現金付款，並於票據兌現時，再次將該筆交易記在帳上，等於同一交易帳上顯示2次付款，總數多達56筆，包括宿舍、行政大樓工程款等。
新竹地檢署100年9月不起訴處分，「財團法人康寧大學」聲請再議（不服案件不起訴的救濟方式），高檢署100年10月發回續查，新竹地檢署去年8月起訴。
新竹地院審理卻發現，「立德學院」89年9月才經教育部許可設立，雖具狀對王榮昌於88年9月到89年7月侵占、業務登載不實等犯行提出指控，然刑事訴訟法規定，非法人團體既未取得法律上人格，即無被害人地位，當時立德還未許可設立，尚未具有法律上人格，不是犯罪被害人，無從獲得合法告訴權，自無聲請再議餘地，因此原不起訴處分於公告時，即已生效、確定。
法官強調，後來高檢署誤認不合法的聲請再議為適法，命令續行偵查，下級地檢署檢察官據以重行偵查起訴，自始就已不合法，根據判例及法條規定，得不經言詞辯論，逕為諭知公訴不受理。
王榮昌透過辯護律師楊隆源表示，對司法還他清白，感到欣慰；新竹檢方則表示，將在收到判決書後，研究是否提起上訴。高檢署發言人陳傳宗則說，目前未看到相關卷證與判決，無從回應。
康寧大學校方表示，該案是之前立德時代王榮昌個人的事情，與現在的康寧大學無關。