民國85年間，空軍作戰司令部發生女童被姦殺案，被控犯案的江國慶遭軍方槍決；軍事法院再審後改判無罪，國防部依法補償江家約新台幣1億300多萬元，並聲請假扣押陳肇敏等財產，和前空軍反情報隊少校保防官鄧震環以280萬元達成和解。
軍方補償江家後，再由軍事法院向台北地院提起民事訴訟，以陳肇敏等人有故意或重大過失或等違法行為，向他們6人求償。但陳肇敏等人以自身沒有故意或重大過失、軍方提起請求的時效已過，主張不用賠。
訴訟歷經2年多，台北地院判陳肇敏、前軍法室主任曹嘉生、當時的反情報成員柯仲慶、何祖耀、李植仁（已歿，由繼承人在遺產範圍內賠償）各應賠償1474萬元到859萬元不等，共計約5950多萬元，全案可上訴。
法院判決指出，冤獄賠償或刑事補償請求，被害人需於不起訴或無罪判決確定後，才可以開始請求賠（補）償，與一般國賠案被害人於損害發生時，就可以立即聲請國家賠償的狀態不同。
法官認為，江國慶案雖發生在民國85年間，但再審是民國100年9月判決江國慶無罪確定，軍方補償江家後向被告等人求償，沒有違反法律不溯及既往。
此外法院判決指出，被告陳肇敏等人都是依軍事審判法執行職務的公務員，但他們當時為取得江國慶自白，先由被告陳肇敏安排不具軍法警察（官）身分的反情報隊人員主導訊問江國慶，又對江國慶濫施禁閉等違法取供，自有故意或重大過失的違法行為。
法官審酌被告等人參與違法取供的程度、事後接受獎懲程度等，認定陳肇敏應負擔1/3補償金。至於江案軍事檢察官黃瑞鵬則因未遭判決有罪確定，不符國家賠償法規定，而不需賠償。