高鐵局指出，截至去年年底，台灣高鐵公司總資產新台幣5,006億元，負債4,575億元，累積虧損達522億元；加上每年平均要折舊攤銷232億元，每年償還貸款本金192億元，以及營運設備汰舊換新等重大資本支出，未來5年將面臨嚴重的財務危機。
代理局長胡湘麟說：『(原音)預估103年到107年的營收必須要達到400到570億元，才能支應它所需要的支出。但以目前的營收規模361億元來看，以及它的年成長率6.2%來看，未來5年恐怕會有營收不敷支出的困境。』
不只如此，高鐵特別股訴訟案仍在進行中，若最後敗訴，高鐵就必須在短期內籌集近500億元資金贖回特別股，並面臨支付利息的重大壓力，到時恐怕只有破產一途。
對於高鐵面臨的財務危機，交通部長葉匡時表示，高鐵財務改善計畫規劃減資至少6成以上，由公股與泛公股增資300億掌握經營權後，高鐵營運特許期擬將從35年延長到65年或75年，屆時高鐵票價也會重新檢討降價。
不過，台灣高鐵公司回應指出，現階段專注在如何進行財務改善計畫，調降票價不在現階段考量範圍。