自經區台南場座談會是由國發會副主委陳建良主持；賴清德表示，台灣經濟的自由化與國際化，不應簡化為政黨間的零和遊戲，應廣泛討論，建立以台灣為主體，佈局全球，與國際接軌的產業競爭制度，國民黨立院黨團放話要求「不支持草案就劃掉」的威權式做法，市府要表達抗議。
不宜開放中國農產品加工
他提出十大質疑，包括法制缺失與政策面不清晰，草案規定管理機關所列權責事項包山包海，形同「小行政院」 權責過大；條例空白授權，架空立法權，整部條例草案七十三個條文，高達卅三條均授權由行政機關以法規命令定之，雖然符合授權明確原則，但將形同立法機關自廢武功，政策充滿不確定性，難以凝聚社會共識及落實執行。
賴清德說，「空白立法」部分，應先拿出來討論，不能像服貿協議一樣，成為人民眼中的黑箱。建議農業加值應以扶植台灣農業為優先，不宜開放中國農產品入區做加工原料。
高市將提自經區條例版本
高雄市府則指出，基於高雄港周邊亞洲新灣區再開發及產業轉型再發展等需要，已彙整相關訴求，將適合高雄金融等產業發展的自經區條例版本，透過民進黨立院黨團提案，期望中央支持，讓南北產業均衡發展。
市府指出，中央設置「六港一空」，幾乎將台灣變成自由經濟示範島，決策變化未對外說明，是否具示範效果也令人懷疑；且高雄雖是工商大城，農業產值所佔比重不高，但農業就業人口不在少數，農產品開放進口後的因應措施，中央主管機關迄今未有對策，對台灣農業品牌流失的憂慮也未能說明。
市府認為，審查程序透明化、建立社會共識、產業衝擊評估配套等都是自經區條例是否通過的關鍵，中央在任何一個環節皆不能草率，否則將未蒙其利先受其害。