行政院發言人孫立群表示，「經貿國是會議」第一次顧問會議中，顧問們對於經貿國是會議的舉辦方式、代表產生方式以及討論議題熱烈交換意見，江院長當場指示幕僚機關國家發展委員會研議納入顧問看法後提出腹案。為進一步凝聚具體共識，行政院將於5月25日召開第二次顧問會議，將國發會所擬修正方案提交會議討論。
在討論議題方面，有部份顧問在前次會議中，認為兩岸經貿與臺灣發展定位是不能迴避的議題，以及建議行政部門加強對青年族群、中小企業及弱勢族群的關注。
孫立群表示，國發會在納入顧問建議後，重新歸納討論議題，包括：臺灣加入區域經貿整合過程中，兩岸經貿應有的戰略與策略；全球化下臺灣經濟發展的策略，包括針對臺灣產業競爭力提升、協助中小企業與青年發展；以及協助受損產業與弱勢族群等。
孫立群表示，以上三項修正規劃將提交5月25日召開的經貿國是會議第二次顧問會議討論，會中同時也將確認分區座談會與全國大會召開的時間。
網路參與 規劃資料放置「經貿國是會議」專站
在會議舉辦方式方面，孫立群表示，在第一次顧問會議時，有顧問提出網路參與之創新模式，並表示行政部門應於「經貿國是會議」召開前，提供充分資訊與論述供外界參考。對此，國發會提出重新調整網路參與之創新模式，規劃將區域經貿整合、兩岸經貿及臺灣經濟發展策略等相關資料，預先放置於「經貿國是會議」專屬網站，供外界參考。
提高青年學生、產業代表及公民團體之參與比例
在代表產生方式方面，孫立群說，有顧問在第一次會議時提出與會代表之產生應兼顧代表性與衡平性，尤其應進一步擴大公民團體及弱勢參與。幕僚機關在研議後，重新提出「經貿國是會議」出席代表的腹案，包括在區域結構中調整各分區會議代表人數及規模，並提高青年學生、產業代表及公民團體之參與比例。