媒體報導「國安洞開 禁限制海域 中國船可路過」，交通部澄清，交通部檢討修訂「兩岸海運直航許可辦法」，依據法制程序，許可辦法需報請行政院核定，目前還在行政院會商。
交通部表示，兩岸航運蓬勃發展，台灣海峽為國際間重要航路，通過性航運需求殷切，須有效管理船舶航經台灣地區限制或禁止水域事宜，修法是為優化兩岸航運管理作為。
根據聯合國國際海洋法公約第17條規定，所有國家的船舶都享有無害通過領海的權利。
交通部研擬修正兩岸海運直航許可辦法有關船舶航經政府禁限制水域的指定航道、申請許可、通信導航與指揮調度等規定，並將一併建立指定航道航經船舶的檢查點，以利管控。
依據台灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法規定，船舶以運送客貨的船舶為主，立法中已排除軍艦及漁船的適用，無國安疑慮。