為捍衛環境正義，環保署自民國98年起，結合檢方、警察及地方環保機關，推動深度查核污染業者，蒐集不法事證，並追究刑責及加重裁罰不法利得；同時大力推動「環檢警結盟」機制，由檢察官指揮辦案，環保署人員提供專業判斷，警察提供人力與相關支援，三方通力合作。
環保署表示，以系統化思維追究污染原因與源頭，用深度查核取代管末控制，檢視廠家污染防治設備設置及操作狀況，尋找有無未妥善處理或埋設暗管偷排等不法行為；同時運用3D雷達攝影等科技工具，長期蒐證與鑑識。
根據環保署資料顯示，經5年努力，共裁處不法利益案件34件，裁罰金額約新台幣9億7000萬元，查獲環保犯罪案件共666件，移送法辦2880人。
環保署也呼籲污染業者不要心存僥倖，應建立自主管理制度，確實做好環保工作，善盡社會責任；未來也會繼續勤查重罰污染業者，以伸張公權力，並捍衛環境正義。