「族群衝突猶如長在憲政世俗主義形體上的腫瘤。發生在那羅達巴狄亞（Naroda Patiya）的事件，是印度憲政史上黑暗的篇章」，2012年8月31日，西印古茶拉底省的法官如此寫著，2002年古省的宗教暴力衝突30人被判有罪。
上述宗教衝突發生在莫迪治理的古省，造成790名穆斯林、254名印度教徒死亡，他被指控放任、甚至煽動宗教仇殺。儘管法庭無法將他定罪，他也始終不承認自己有任何責任，但13年來，事件陰影如影隨形跟著他，成為他政治生涯最大污點。
「經濟學人」（The Economist）4月有1期的封面標題是「有人能阻止莫迪嗎？」文章直陳「與宗教仇恨有涉的人，絲毫談不上現代化、誠實或公平」、「本報恕難支持莫迪登峰造極」。
印地語電視台「新聞1台」（Channel One News）編輯暨政治評論家安薩里（Yusuf Ansari）告訴中央社記者：「我不會說那起事件是暴動或宗教衝突，那是針對少數民族的大屠殺。被歸為少數民族的穆斯林是印度第2大族群，但它占全國總人口的13.84%，總數近2億，可以這樣忽視他們嗎？」
現在，莫迪即將成為總理，但他與印度極端宗教勢力的關係，以及他過去應對宗教和族群議題的作為，例如他拒絕戴穆斯林禮帽，不曾譴責去年8、9月受害者大部分為穆斯林的北方省穆扎法爾納加爾（Muzaffarnagar）縣的流血衝突，在在加深外界疑慮。
印度最大遜尼派穆斯林教士組織印度學者協會（Jamiat Ulama-i-Hind）秘書長馬達尼（Maulana Mahmood Madani）道出穆斯林的憂慮。他說：「大多數穆斯林認為2002年的事件是省政府計畫的復仇。」馬達尼說，莫迪應該擔下讓狀況失控的道德責任。
莫迪的出身更加深外界對新政府宗教和族群政策的憂慮。
他是印度教基本教義派團體「民族志工組織」（Rashtriya Swayamsevak Sangh, RSS）資深成員。這組織大力推動將宗教認同與國家認同相結合的「印度教徒特性」（Hindutva）理念，使得「建立1個印度教國家」成為凝聚這個國家逾8成印度教人口最有力的訴求。
然而，這主張明顯忽視印度社會的異質性，選舉時雖成為印度人民黨的摧票利器，但它的排他性卻造成印度教徒與其他宗教族群關係緊張。
這屆選舉，印度人民黨的競選宣言提出多項推動「印度教徒特性」的政見，其中又以在阿尤德亞（Ayodhya）重建羅摩（Rama）神廟最受注目。同樣的建廟主張在1992年曾造成印度教徒和穆斯林的族群對立，1700多人在衝突中喪生、5500多人受傷，為印巴分治後最嚴重的宗教衝突。
有學者警告，強行推行上述主張，無異是將印度社會推向內戰的邊緣！
儘管社會上出現莫迪政府可能撕裂族群的指控，專業攝影師肯納（Dinesh Khanna）卻認為不必太悲觀。肯納告訴中央社記者：「他都執政了，為什麼還要讓族群衝突發生？貴為總理的他自己去點燃族群之火，是要證明什麼？難道是要證明他沒有治國能力嗎？」
安薩里強調，莫迪得到人民的託付，人人都必須尊敬這項託付。
但他接著說：「勝選是一回事，贏得民心又是另一回事。莫迪是登上大位了，但如果他無法贏得穆斯林的民心，他能夠帶著驕傲執政嗎？」