由於遊覽車公會、加油站公會反映B2生質柴油會使油路堵塞、車輛熄火，影響行車安全，因此經濟部在5月中旬決定暫停發展供應車輛使用的B2生質柴油，讓油品研發業者大喊不公。
業者表示，當初他們響應政府的生質柴油政策，近年來已經陸續投入新台幣2、3億元，更花3千萬購買新式大型儲油槽，油品也經過26項檢驗，現在傳出少數車輛使用生質柴油後出現問題，有可能是因為加油站儲油槽管理不當、或車主未按時保養，若全歸咎於生質柴油，實在不公平。台灣新日化總經理張志毓說：『(原音)石油是從地底下抽出來，經過精煉，時間日積月累，當然下面會有沉澱物啊，就會有油泥出現，所以這是各個加油站自己管理的問題啊，你久久就是要清一次油槽，這個是怪罪到生質柴油裡面。』
經濟部能源局指出，去年相關公會反映B2生質柴油導致車輛熄火的問題後，經濟部組成技術專家小組，歸納出幾項可能原因，包括加油站油槽管理未徹底執行、柴油含硫量較低，導致微生物容易滋生、車主保養維修不當及遊覽車自行改裝油槽等；但為行車安全，還是暫時不提供車輛使用的生質柴油。但能源局強調，政府的生質燃料政策仍會持續推動。