自由學社張谷銘說，據他了解，三一八學運後，呂學樟就向中研院調閱中研院法律所副研究員黃國昌差勤紀錄，查詢黃有無打卡或簽到上班，張強調，大學教授也無人打卡、簽到看績效，「相信江宜樺也沒有打卡」。
中研院法律所助研究員黃丞儀表示，被呂點名的法律所、政治所、社會所，不論在人才招攬與學術表現上，絕對是全國數一數二，尤其黃國昌在所內的考評都是前段班，「呂學樟踩黃國昌是踩到石頭」。
中研院院長翁啟惠說，學運期間黃國昌都有按照規定請假；翁說，他希望大家多去了解學運發生的背後原因，也不能否認許多民主改革是透過衝撞體制而來的。
至於呂所提中研院是總統幕僚一事，黃丞儀指出，中研院組織法所規範的任務，沒有一條叫做「總統幕僚」，中研院的行政位階雖隸屬總統府，但不代表就是幕僚機關；他強調，「黨同伐異，不問是非，只圖為掌權者樹立權威的心態，才是學術研究的最大敵人」。
此外，呂學樟前天表示「中研院若績效不彰，可在組織改造時考慮廢除」，引發外界批評，他昨改口說，「只是建議考慮縮編或整併」。
呂改口：只是建議縮編或整併
呂表示，中研院自從成立政治所、法律所後，就有人打著中研院旗號在外發言，違背「公務人員行政中立法」，讓外界認為這兩個單位難道整天沒事幹？「我只是善意的提醒他們」。表示他沒有要廢法律所、政治所，只是人文學科有十一個所，建議可以縮編或整併。
但呂仍強調，中研院隸屬於總統府，研究員是公務人員，應該受公務人員行政中立法約束，或是將對政府的質疑化做政策建議，而不是直接對總統嗆聲。